Semula Universitas PGRI Yogyakarta (UPY) berbentuk institut (IKIP PGRI Yogyakarta) yang berdiri tanggal 11 desember 1962 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi Dan Ilmu Pengetahuan RI Nomor 44/Swt/P/62 dalam bentuk Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan meliputi jurusan Ilmu Mendidik dan Jurusan Sejarah yang berlokasi di SGA Stelladuce (Menumpang) yang berada di kompleks Lapangan Trenggono, Klitren kidul Yogyakarta. Mulai tahun 1964 kampus FKIP PGRI Yogyakarta (cikal bakal IKIP PGRI Yogyakarta) pindah di SD ungaran, kotabaru Yogyakarta (Sekarang menjadi SDN Ungaran 2) sampai tahun 1980. Selanjutnya pada tahun 1981 berpindah lagi ke kompleks SGPLB di Jl. Wates, Kalibayem Yogyakarta.

Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan kebudayaan RI Nomor : 029/0/1981 tanggal 22 januari 1981 tentang Penetapan Kembali Status Terdaftar bagi PTS di Kopertis Wilayah IV yang menetapkan kembali status Terdaftar bagi IKIP PGRI Yogyakarta yang meliputi : Fakultas Ilmu Pendidikan jurusan Teori Dan Sejarah Pendidikan dan Fakultas Keguruan Ilmu sosial jurusan Ilmu Sejarah. Disamping itu juga mengembangkan jurusan baru pada Fakultas Ilmu Pendidikan dan membuka jurusan Psikologi Pendidikan dan Bimbingan yang mendapat status Terdaftar Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 0109/O/1984 Tanggal 9 Maret 1984. Disamping itu Juga Membuka jurusan Pendidikan Matematika yang kelak memperoleh status terdaftar Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 0128/O/1985 Tanggal 6 Mei 1985. Dalam perkembangan nya, Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 042/O/1985 jurusan Teori dan Sejarah Pendidikan mengalami perubahan nama menjadi jurusan Filsafat dan Sosiologi Pendidikan, sedangkan jurusan Ilmu Sejarah berubah menjadi Jurusan Pendidikan Sejarah. Untuk memenuhi tuntutan masyarakat dan kebutuhan tenaga pendidik serta untuk mengembangkan diri, pada tahun 1983 Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial IKIP PGRI Yogyakarta membuka jurusan baru yaitu jurusan Pendidikan Moral Pancasila dan Kewarganegaraan (seakarang PPKn) yang mendapat status Terdaftar berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 0428/O/1987 tanggal 27 juli 1987.

Setelah sebelum nya selalu menumpang dengan instansi lain, mulai tahun 1984 dapat menempati kampus milik sendiri di kawasan Sonosewu,Ngestiharjo Kasihan Bantul sampai sekarang. Dalam rangka pemenuhan tuntutan akan kebutuhan pembangunan, perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta memperhatikan prospek masa depan maka sejak tahun 1995 dirilis alih bentuk, dari bentuk Institut Menjadi Universitas dengan Surat keputusan dengan nomor : 180/DIKTI/KEP/1997, tertanggal 25 juli 1997, IKIP PGRI Yogyakarta menjadi Universitas PGRI Yogyakarta (UPY).